Examining Instrumental Factors Influencing the Performance of Data-Independent Acquisition Methods in Hydrogen/Deuterium Exchange Mass Spectrometry
Rattachement africain : ca, us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Hydrogen/deuterium exchange mass spectrometry (HX-MS) is a method used to study solution-phase protein structure and dynamics. Despite its many applications, HX-MS is limited in throughput because manual data analysis is still the norm. We previously developed HX-MS 2 technology to add a second dimension of deuteration data and promote automated data processing. Data-independent acquisition (DIA) techniques enable this approach, but we require optimized methods for best performance. Using an Orbitrap Eclipse for illustration, we show that ion optics and collision energy settings typical of a proteomics DIA experiment generate maximal peptide retrieval from the DIA library. As few as three MS 2 sequence ions are sufficient to generate a deuteration measurement with a precision that exceeds what is possible in traditional HX-MS. DIA window sizes are based on the chromatographic resolution of the method. An inter-scan window offset method is the recommended default configuration for most HX-DIA applications but an intra-scan overlap method can be tuned for highest performance and is recommended when maximum peptide retrieval is desired. We demonstrate the robustness of one HX-MS 2 configuration (consisting of Trajan HDX automation technology, an Orbitrap Eclipse mass spectrometer and AutoHX software) on an extensive time-course analysis of phosphorylase B and an epitope analysis of single-domain antibodies (V H Hs, nanobodies) specific to the receptor binding domain of SARS-CoV-2 spike protein.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Examining Instrumental Factors Influencing the Performance of Data-Independent Acquisition Methods in Hydrogen/Deuterium Exchange Mass Spectrometry
- Date Crossref
- 01/04/2025
- Éditeur
- American Chemical Society (ACS)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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University of Calgary Department of Biochemistry and Molecular Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Thermo Fisher Scientific (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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National Research Council Canada pays non établi dans la noticeOrganisme public
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University of Ottawa pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Department of Biochemistry and Molecular Biology pays non établi dans la noticeInstitution
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Trajan Scientific & Medical - Raleigh pays non établi dans la noticeInstitution
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Department of Chemistry pays non établi dans la noticeInstitution
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Human Health Therapeutics Research Centre pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Faculty of Medicine Department of Biochemistry pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Department of Biochemistry and Molecular Biology — University of Calgary, Thermo Fisher Scientific (United States) et National Research Council Canada, avec 6 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.