NeoAtlas and NeoBert: A Database and A Predictive Model for Canonical and Noncanonical Tumor Neoantigens
Rattachement africain : cn. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract Neoantigens are classified into canonical and noncanonical types. Noncanonical neoantigens include those derived from noncoding regions, transposable elements (TE), and intron retention events, and they have recently gained considerable attention in cancer immunity. We curated 35,574 non-redundant neoantigen-HLA pairs from 14 immunopeptidomes studies, by analyzing unique features and differences across various sources of neoantigens. This knowledge enabled us to develop machine learning models for the prediction of different types of neoantigens. Our data and models are available at a public portal ( https://ngdc.cncb.ac.cn/neoatlas ) to facilitate broad access and future research. This resource offers advanced functionalities, including integration with epigenome browsers which allow easy navigation of epigenomic datasets to support and confirm the expression of neoantigens. We further demonstrate that combining our database with mass spectrometry analysis can identify noncanonical neoantigens. The resource we constructed holds significant value and promise for the development of neoantigen-based vaccines.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- NeoAtlas and NeoBert: A Database and A Predictive Model for Canonical and Noncanonical Tumor Neoantigens
- Date Crossref
- 17/03/2025
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Second Military Medical University Department of Hepatobiliary Pancreatic Surgery pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Changhai Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Donghua University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Beijing Institute of Genomics pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Chinese Academy of Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Shanghai Cell Therapy Research Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Sun Yat-sen University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Jilin University Key Laboratory of Symbolic Computation and Knowledge Engineering of Ministry of Education pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Wenzhou Medical University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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College of Information Science and Technology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Genomics Data Center pays non établi dans la noticeInstitution
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Shanghai Key Laboratory of Cell Engineering pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Department of Hepatobiliary Pancreatic Surgery — Second Military Medical University, Changhai Hospital et Donghua University, avec 9 autres affiliations.
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