Umfassende Charakterisierung des D4Z4-Repeatarrays mittels Long-Read-Sequenzierung für eine präzise Diagnostik der Fazioskapulohumeralen Muskeldystrophie

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Hintergrund: Trotz ihrer hohen Prävalenz in der europäischen Population ist die Testung auf FSHD derzeit nur mit eingeschränkter Genauigkeit möglich. Die Methylierung wurde kürzlich als der präziseste Marker der FSHD validiert und ihre Verwendung konnte die Diagnostik wesentlich verbessern, jedoch ist ihre Messung aufwändig und teilweise technisch limitiert. Methode: Die Kombination aus CRISPR/Cas9-Anreicherung und Oxford Nanopore Long-Read-Technologie ermöglicht erstmals eine komplette Sequenzierung des mit der FSHD assoziierten D4Z4-Repeatarrays. Reads werden anhand spezifischer Sequenzmotive Haplotypen zugeordnet, die Anzahl an Repeateinheiten wird bestimmt und die Methylierung über den kompletten D4Z4-Repeat allelspezifisch berechnet. Resultate: Diese Methode ermöglicht das Methylierungsprofil des kompletten Repeatarrays darzustellen und bildet somit die Grundlage für eine weitere Präzisierung der Diagnostik. Die Methylierung weist einen Gradienten auf, der hin zum distalen Ende des Repeatarrays ansteigt. Dieser erklärt den bekannten Zusammenhang von Repeatlänge und FSHD und stellt das Bindeglied zwischen Genotyp und Phänotyp dar. Schlussfolgerung: Durch die allelspezifische und simultane Analyse aller für die Diagnostik relevanter Parameter ist die hier beschriebene Methodik gegenüber klassischen Verfahren überlegen. Die automatisierte Datenauswertung, die derzeit etabliert wird, dient als Grundlage für die Implementierung der Methodik in der Routinediagnostik. Publication History Article published online: 11 March 2025 © 2025. Thieme. All rights reserved. Georg Thieme Verlag KG Oswald-Hesse-Straße 50, 70469 Stuttgart, Germany

Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.