CRISPRi-ART enables functional genomics of diverse bacteriophages using RNA-binding dCas13d
Rattachement africain : us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Bacteriophages constitute one of the largest reservoirs of genes of unknown function in the biosphere. Even in well-characterized phages, the functions of most genes remain unknown. Experimental approaches to study phage gene fitness and function at genome scale are lacking, partly because phages subvert many modern functional genomics tools. Here we leverage RNA-targeting dCas13d to selectively interfere with protein translation and to measure phage gene fitness at a transcriptome-wide scale. We find CRISPR Interference through Antisense RNA-Targeting (CRISPRi-ART) to be effective across phage phylogeny, from model ssRNA, ssDNA and dsDNA phages to nucleus-forming jumbo phages. Using CRISPRi-ART, we determine a conserved role of diverse rII homologues in subverting phage Lambda RexAB-mediated immunity to superinfection and identify genes critical for phage fitness. CRISPRi-ART establishes a broad-spectrum phage functional genomics platform, revealing more than 90 previously unknown genes important for phage fitness.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- CRISPRi-ART enables functional genomics of diverse bacteriophages using RNA-binding dCas13d
- Date Crossref
- 26/02/2025
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
-
QB3 pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
-
Innovative Genomics Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
University of California California Institute for Quantitative Biosciences (QB3) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
University of California San Diego pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Gladstone Institutes pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
-
North Carolina State University Department of Food pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Lawrence Berkeley National Laboratory Environmental Genomics and Systems Biology Division pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Sandia National Laboratories California pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Howard Hughes Medical Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
School of Biological Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Gladstone Institute of Data Science and Biotechnology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Systems Biology Department pays non établi dans la noticeInstitution
QB3, Innovative Genomics Institute et California Institute for Quantitative Biosciences (QB3) — University of California, avec 9 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.