Accès ouvert déclaré 2025 article

Virusplot: a web server for viral integration analysis and visualization

Erqiang Hu, Jian-Hong An, A. Gersten, Neng Eva Wu, Nicole Kawachi, Jing Zhu, Gregory S. Rosenblatt, Stelby Augustine, Richard V. Smith, Jeffrey E. Segall, Harry Ostrer, Antonio L. Amelio, Christine H. Chung, Michael B. Prystowsky, Thomas Julian Ow, Wenjun Deng, Shanye Yin

1Citations signalées, ce qui n’est pas une note de qualité

6Institutions déclarées

1Pays d’affiliation déclarés

Rattachement africain : us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.

Le résumé fourni par la source

The integration of viral DNA into the human genome is a critical event in the pathogenesis of various cancers. This process leads to genomic instability, disrupts cellular regulatory mechanisms, and activates oncogenes or inactivates tumor suppressor genes. Despite significant advancements in genome sequencing technologies, there remains a notable lack of computational tools, particularly web-based applications, specifically designed for viral integration analysis and visualization. To address this gap, we present virusPlot, a web server with the following functional modules: (i) automatic retrieval of virus genome sequences and their annotation; (ii) visualization of virus integration locations and read counts through a graphical representation that links viral and host genome integration sites, facilitating the interpretation of integration patterns; (iii) analysis of virus integration hotspots using Fisher's exact test; and (iv) integration of various functions into an interactive web platform via shinyapp. VirusPlot efficiently processes and visualizes integration data from viruses and host genomes, providing researchers with an intuitive and user-friendly analytical tool that simplifies the complexity of virus integration analysis.

Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.

Le contrôle bibliographique ouvert

DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.

Titre Crossref: Virusplot: a web server for viral integration analysis and visualization
Date Crossref: 19/02/2025
Éditeur: Frontiers Media SA
Type: journal-article

Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.

Où se fait cette recherche

Albert Einstein College of Medicine Department of Pathology pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
Montefiore Medical Center pays non établi dans la notice
Établissement de santé
The University of Texas at Austin pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
Moffitt Cancer Center Department of Head and Neck-Endocrine Oncology pays non établi dans la notice
Établissement de santé
Harvard University pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
Massachusetts General Hospital Department of Neurology pays non établi dans la notice
Établissement de santé
Einstein Pathology Single-cell & Bioinformatics Laboratory pays non établi dans la notice
Structure de recherche

Department of Pathology — Albert Einstein College of Medicine, Montefiore Medical Center et The University of Texas at Austin, avec 4 autres affiliations.

Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.

Les sujets associés

Network Security and Intrusion Detection

Lire en accès ouvert Consulter la publication primaire Ouvrir le DOI