Barcoded HIV-1 reveals viral persistence driven by clonal proliferation and distinct epigenetic patterns
Rattachement africain : us, cn. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
The HIV reservoir consists of infected cells in which the HIV-1 genome persists as provirus despite effective antiretroviral therapy (ART). Studies exploring HIV cure therapies often measure intact proviral DNA levels, time to rebound after ART interruption, or ex vivo stimulation assays of latently infected cells. This study utilizes barcoded HIV to analyze the reservoir in humanized mice. Using bulk PCR and deep sequencing methodologies, we retrieve 890 viral RNA barcodes and 504 proviral barcodes linked to 15,305 integration sites at the single RNA or DNA molecule in vivo. We track viral genetic diversity throughout early infection, ART, and rebound. The proviral reservoir retains genetic diversity despite cellular clonal proliferation and viral seeding by rebounding virus. Non-proliferated cell clones are likely the result of elimination of proviruses associated with transcriptional activation and viremia. Elimination of proviruses associated with viremia is less prominent among proliferated cell clones. Proliferated, but not massively expanded, cell clones contribute to proviral expansion and viremia, suggesting they fuel viral persistence. This approach enables comprehensive assessment of viral levels, lineages, integration sites, clonal proliferation and proviral epigenetic patterns in vivo. These findings highlight complex reservoir dynamics and the role of proliferated cell clones in viral persistence.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Barcoded HIV-1 reveals viral persistence driven by clonal proliferation and distinct epigenetic patterns
- Date Crossref
- 14/02/2025
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
-
University of California Department of Molecular and Medical Pharmacology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
University of California San Diego pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Zhejiang University Cancer Institute (Key Laboratory of Cancer Prevention and Intervention pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Westlake University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
School of Medicine Center for Infectious Disease Research pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Department of Molecular and Medical Pharmacology — University of California, University of California San Diego et Cancer Institute (Key Laboratory of Cancer Prevention and Intervention — Zhejiang University, avec 2 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.