Factors Influencing Phenomic Prediction: A Case Study on a Large Sorghum BCNAM Population
Rattachement africain : fr, Mali, in. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract Plant breeding efficiency is crucial to develop varieties able to cope with climate change and support food and feed value chains. Genomic prediction (GP) has been a major step in increasing this efficiency and is now routinely used in breeding programs. Recently, phenomic prediction (PP) has gained attention as a promising complementary approach to GP, further increasing the breeding programs’ efficiency. Factors impacting the predictive ability (PA) of PP have been studied on many species but are not fully clarified. In this context, we studied the impacts of spectra pre-processing, prediction methods, population structure, training set size, NIRS acquisition environment and wavelength selection on a large multi-parental sorghum population including 2498 genotypes. Our results show that PP can compete with GP, that it is less affected by population structure, and can reach its maximal PA with smaller training sets than GP, but its performances are trait dependant. We also show that NIRS can be acquired in a reference environment to perform prediction in other environments and that it is possible to randomly select as little as 10 wavelengths to perform predictions. Finally, we show that spectra pre-processing, and statistical methods have a limited and unclear impact on PA. Our study confirms that PP is a relevant trait prediction method that deserves attention to optimize breeding schemes. The main challenges for the future will be to better understand the information contained in the spectra and disentangle their genetic and proxy components to optimize the use of PP in breeding programs. Key message Phenomic prediction is promising for sorghum breeding. Geneticists’ methods may not be suited to optimally extract spectral information.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Factors Influencing Phenomic Prediction: A Case Study on a Large Sorghum BCNAM Population
- Date Crossref
- 07/02/2025
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Université de Montpellier pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institut Agro Montpellier pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institut National de Recherche pour l'Agriculture pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes méditerranéennes et tropicales pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institut d'Économie Rurale Bamako, Mali (code pays fourni par la source)Organisme public
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Centre for Water Resources Development and Management pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institut Polytechnique Rural de Formation et de Recherche Appliquée Département d’Enseignement et de Recherche des Sciences et Techniques Agricoles Katibougou, Mali (code pays fourni par la source)Université ou école supérieure
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International Crops Research Institute for the Semi-Arid Tropics Sorghum Program Bamako, Mali (code pays fourni par la source)Structure de recherche
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Institut Agro Montpelier pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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L'Institut Agro pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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CIRAD pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement, Université de Montpellier et Institut Agro Montpellier, avec 9 autres affiliations. Pays d’affiliation : Mali.
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