The chromosome-level genome provides insights into the adaptive evolution of the visual system in Oratosquilla oratoria
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BACKGROUND: The marine crustacean Oratosquilla oratoria is economically significant in seafood and aquaculture industries. However, the lack of high-quality genome assembly has hindered our understanding of O. oratoria, particularly the mechanisms underlying its developed visual system. RESULTS: We generated a chromosome-level genome assembly for O. oratoria (2.97 Gb, 44 pseudo-chromosomes) using combination sequencing strategies. Our analysis revealed that more than half of the genome was covered by repeat sequences, and LINE elements showed significant expansion. Furthermore, phylogenetic analysis revealed a close relationship of O. oratoria with Dendrobranchiata and Pleocyemata. In addition, the evolutionary rate of O. oratoria was slightly faster than that of Dendrobranchiata and slower than that of Pleocyemata. Interestingly, we observed the significant expansion of middle-wavelength-sensitive (MWS) opsins in the O. oratoria genome by tandem duplication, partially contributing to their unique visual capabilities. Compared with other crustaceans, O. oratoria has evolved a thicker cornea that was possibly driven by visual adaptations and ecological requirements. Employing comparative transcriptome analysis, we identified a tandemly duplicated cuticle protein (CP) cluster that was specifically expanded and expressed in the ocular tissues of O. oratoria, potentially contributing to the thick cornea of O. oratoria. CONCLUSIONS: Our study established the first chromosome-level genome for Stomatopoda species, providing a valuable genomic resource for studying the molecular mechanisms underlying the developed visual system of O. oratoria.
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Le contrôle bibliographique ouvert
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- Titre Crossref
- The chromosome-level genome provides insights into the adaptive evolution of the visual system in Oratosquilla oratoria
- Date Crossref
- 06/02/2025
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Yancheng Teachers University Jiangsu Key Laboratory for Bioresources of Saline Soils pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Jiangsu Key Laboratory for Bioresources of Saline Soils pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Nanjing Tech University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Huazhong Agricultural University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Fujian Agriculture and Forestry University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Shanghai Ocean University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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The First People’s Hospital of Lianyungang pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Northwestern Polytechnical University Center for Ecological and Environmental Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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College of Biotechnology and Pharmaceutical Engineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Plant Science and Technology College Institute of Applied Mycology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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College of Life Science State Key Laboratory of Ecological Pest Control for Fujian and Taiwan Crops pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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College of Fisheries and Life Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Jiangsu Key Laboratory for Bioresources of Saline Soils — Yancheng Teachers University, Jiangsu Key Laboratory for Bioresources of Saline Soils et Nanjing Tech University, avec 9 autres affiliations.
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