Use and misuse of trait imputation in ecology: the problem of using out‐of‐context imputed values
Rattachement africain : ar, gb, br, us, co, pe, de, bo, ec, ve, fr. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Despite the progress in the measurement and accessibility of plant trait information, acquiring sufficiently complete data from enough species to answer broad‐scale questions in plant functional ecology and biogeography remains challenging. A common way to overcome this challenge is by imputation, or ‘gap‐filling' of trait values. This has proven appropriate when focusing on the overall patterns emerging from the database being imputed. However, some applications force the imputation procedure out of its original scope, using imputed values independently from the imputation context, and specific trait values for a given species are used as input for computing new variables. We tested the performance of three widely used imputation methods (Bayesian hierarchical probabilistic matrix factorization, multiple imputation by chained equations with predictive mean matching, and Rphylopars) on a database of tropical tree and shrub traits. By applying a leave‐one‐out procedure, we assessed the accuracy and precision of the imputed values and found that out‐of‐context use of imputed values may bias the estimation of different variables. We also found that low redundancy (i.e. low predictability of a new value on the basis of existing values) in the dataset, not uncommon for empirical datasets, is likely the main cause of low accuracy and precision in the imputed values. We therefore suggest the use of a leave‐one‐out procedure to test the quality of the imputed values before any out‐of‐context application of the imputed values, and make practical recommendations to avoid the misuse of imputation procedures. Furthermore, we recommend not publishing gap‐filled datasets, publishing instead only the empirical data, together with the imputation method applied and the corresponding script to reproduce the imputation. This will help avoid the spread of imputed data, whose accuracy, precision, and source are difficult to assess and track, into the public domain.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Use and misuse of trait imputation in ecology: the problem of using out‐of‐context imputed values
- Date Crossref
- 03/02/2025
- Éditeur
- Wiley
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Universidad Nacional de Córdoba pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Leverhulme Trust pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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University of Oxford Leverhulme Centre for Nature Recovery pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Universidade Federal de Lavras Instituto de Ciências Naturais pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Notre Dame Department of Biological Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of California Department of Ecology and Evolutionary Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Evolutionary Genomics (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Universidade do Estado de Mato Grosso pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Leeds pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Universidade de São Paulo ESALQ pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Wildlife Conservation Society pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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