Convergent pairs of highly transcribed genes restrict chromatin looping in Dictyostelium discoideum
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Le résumé fourni par la source
Dictyostelium discoideum is a unicellular slime mold, developing into a multicellular fruiting body upon starvation. Development is accompanied by large-scale shifts in gene expression program, but underlying features of chromatin spatial organization remain unknown. Here, we report that the Dictyostelium 3D genome is organized into positionally conserved, largely consecutive, non-hierarchical and weakly insulated loops at the onset of multicellular development. The transcription level within the loop interior tends to be higher than in adjacent regions. Loop interiors frequently contain functionally linked genes and genes which coherently change expression level during development. Loop anchors are predominantly positioned by the genes in convergent orientation. Results of polymer simulations and Hi-C-based observations suggest that the loop profile may arise from the interplay between transcription and extrusion-driven chromatin folding. In this scenario, a convergent gene pair serves as a bidirectional extrusion barrier or a 'diode' that controls passage of the cohesin extruder by relative transcription level of paired genes.
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Le contrôle bibliographique ouvert
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- Titre Crossref
- Convergent pairs of highly transcribed genes restrict chromatin looping in <i>Dictyostelium discoideum</i>
- Date Crossref
- 11/01/2025
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Skolkovo Institute of Science and Technology Center for Molecular and Cellular Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institute of Gene Biology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Lomonosov Moscow State University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Research Centre for Medical Genetics pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Frumkin Institute of Physical Chemistry and Electrochemistry pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Laboratory of Structural and Functional Organization of Chromosomes pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Faculty of Biology Department of Molecular Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Laboratory of Bioelectrochemistry pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Center for Molecular and Cellular Biology — Skolkovo Institute of Science and Technology, Institute of Gene Biology et Lomonosov Moscow State University, avec 5 autres affiliations.
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