Low level contamination confounds population genomic analysis
Rattachement africain : us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract Genome sequence contamination has a variety of causes and can originate from within or between species. Previous research focused primarily on cross-species contamination or on prokaryotes. This paper visualizes B-allele frequency to test for intra-species contamination, and measures its effects on phylogenetic and admixture analysis in two fungal species. Using a standard base calling pipeline, we found that contaminated genomes superficially appeared to produce good quality genome data. Yet as little as 5-10% genome contamination was enough to change phylogenetic tree topologies and make contaminated strains appear as hybrids between lineages (genetically admixed). We recommend the use of B-allele frequency plots to screen genome resequencing data for intra-species contamination.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Low level contamination confounds population genomic analysis
- Date Crossref
- 22/01/2025
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Les institutions déclarées
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.