RNA-Puzzles Round V: blind predictions of 23 RNA structures
Rattachement africain : cn, br, Nigéria, pl, us, fr, gb, es, de, cl, be, ru. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
RNA-Puzzles is a collective endeavor dedicated to the advancement and improvement of RNA three-dimensional structure prediction. With agreement from structural biologists, RNA structures are predicted by modeling groups before publication of the experimental structures. We report a large-scale set of predictions by 18 groups for 23 RNA-Puzzles: 4 RNA elements, 2 Aptamers, 4 Viral elements, 5 Ribozymes and 8 Riboswitches. We describe automatic assessment protocols for comparisons between prediction and experiment. Our analyses reveal some critical steps to be overcome to achieve good accuracy in modeling RNA structures: identification of helix-forming pairs and of non-Watson-Crick modules, correct coaxial stacking between helices and avoidance of entanglements. Three of the top four modeling groups in this round also ranked among the top four in the CASP15 contest.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- RNA-Puzzles Round V: blind predictions of 23 RNA structures
- Date Crossref
- 02/12/2024
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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University of Science and Technology of China pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Guangzhou Medical University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Universidade de São Paulo pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Covenant University Nigéria (code pays fourni par la source)Université ou école supérieure
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Institute of Bioorganic Chemistry pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Poznań University of Technology Institute of Computing Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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International Institute of Molecular and Cell Biology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Colorado Boulder pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Stanford University Department of Biomedical Data Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of California San Diego Department of Cell and Developmental Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Missouri Department of Physics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Clark University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
University of Science and Technology of China, Guangzhou Medical University et Universidade de São Paulo, avec 9 autres affiliations. Pays d’affiliation : Nigéria.
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