Genealogy-based trait association with LOCATER boosts power at loci with allelic heterogeneity
Rattachement africain : us, th, fi, gb. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
A key methodological challenge for genome-wide association studies is how to leverage haplotype diversity and allelic heterogeneity to improve trait association power, especially in noncoding regions where it is difficult to predict variant impacts and define functional units for variant aggregation. Genealogy-based association methods have the potential to bridge this gap by testing combinations of common and rare haplotypes based purely on their ancestral relationships. In parallel work, we have developed an efficient local ancestry inference engine and a novel statistical method (LOCATER) for combining signals present on different branches of a locus-specific haplotype tree. Here, we develop a genome-wide LOCATER analysis pipeline and apply it to a genome sequencing study of 6795 Finnish individuals with 101 cardiometabolic traits and 18.9 million autosomal variants. We identify 351 significant trait associations at 47 distinct genomic loci and find that LOCATER boosts the single marker test (SMT) association signal at five loci by combining independent signals from distinct alleles. LOCATER successfully recovers known quantitative trait loci not found by SMT, including LIPG , recovers known allelic heterogeneity at the APOE/C1/C4/C2 gene cluster, and suggests one novel association. We find that confounders have a more pronounced effect on genealogy-based methods than SMT, and we propose a new randomization approach and a general method for genomic control to eliminate their effects. This study demonstrates that genealogy-based methods such as LOCATER excel when multiple causal variants are present and suggests that their application to larger and more diverse cohorts will be fruitful.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Genealogy-based trait association with LOCATER boosts power at loci with allelic heterogeneity
- Date Crossref
- 16/04/2026
- Éditeur
- Cold Spring Harbor Laboratory
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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University of Washington pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Yale University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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United States Food and Drug Administration pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Food and Drug Administration pays non établi dans la noticeOrganisme public
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University of Eastern Finland pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Finland University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Oxford pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Washington University School of Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Yale School of Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
University of Washington, Yale University et United States Food and Drug Administration, avec 7 autres affiliations.
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