modXNA: A Modular Approach to Parametrization of Modified Nucleic Acids for Use with Amber Force Fields
Rattachement africain : us, uy. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Modified nucleic acids have surged as a popular therapeutic route, emphasizing the importance of nucleic acid research in drug discovery and development. Beyond well-known RNA vaccines, antisense oligonucleotides and aptamers can incorporate various modified nucleic acids to target specific biomolecules for various therapeutic activities. Molecular dynamics simulations can accelerate the design and development of these systems with noncanonical nucleic acids by observing intricate dynamic properties and relative stability on the all-atom level. However, modeling these modified systems is challenging due to the time and resources required to parametrize components outside default force field parameters. Here, we present modXNA, a tool to derive and build modified nucleotides for use with Amber force fields. Several nucleic acid systems varying in size and number of modification sites were used to evaluate the accuracy of modXNA parameters, and results indicate the dynamics and structure are preserved throughout the simulations. We detail the protocol for quantum mechanics charge derivation and describe a workflow for implementing modXNA in Amber molecular dynamics simulations, which includes updates and added features to CPPTRAJ.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- modXNA: A Modular Approach to Parametrization of Modified Nucleic Acids for Use with Amber Force Fields
- Date Crossref
- 29/10/2024
- Éditeur
- American Chemical Society (ACS)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
-
University of Utah pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Ionis Pharmaceuticals (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
-
National Institutes of Health pays non établi dans la noticeOrganisme public
-
and Blood Institute Lung pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Universidad de la República de Uruguay pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Institut Pasteur de Montevideo pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
National Institute of Standards and Technology Institute for Bioscience and Biotechnology Research pays non établi dans la noticeOrganisme public
-
College of Pharmacy Department of Medicinal Chemistry pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Department of Medicinal Chemistry pays non établi dans la noticeInstitution
-
Laboratory of Computational Biology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Bioinformatics Unit. Institute Pasteur of Montevideo pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Computational Biophysics Group pays non établi dans la noticeInstitution
University of Utah, Ionis Pharmaceuticals (United States) et National Institutes of Health, avec 9 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.