METASPACE-ML: Context-specific metabolite annotation for imaging mass spectrometry using machine learning
Rattachement africain : de, us, dk. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Imaging mass spectrometry is a powerful technology enabling spatial metabolomics, yet metabolites can be assigned only to a fraction of the data generated. METASPACE-ML is a machine learning-based approach addressing this challenge which incorporates new scores and computationally-efficient False Discovery Rate estimation. For training and evaluation, we use a comprehensive set of 1710 datasets from 159 researchers from 47 labs encompassing both animal and plant-based datasets representing multiple spatial metabolomics contexts derived from the METASPACE knowledge base. Here we show that, METASPACE-ML outperforms its rule-based predecessor, exhibiting higher precision, increased throughput, and enhanced capability in identifying low-intensity and biologically-relevant metabolites.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- METASPACE-ML: Context-specific metabolite annotation for imaging mass spectrometry using machine learning
- Date Crossref
- 22/10/2024
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Heidelberg University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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European Molecular Biology Laboratory Structural and Computational Biology Unit pays non établi dans la noticeOrganisme public
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European Molecular Biology Organization pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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UC San Diego Health System pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of California San Diego Department of Bioengineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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La Jolla Bioengineering Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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BioInnovation Institute BioStudio pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Metabolomics Core Facility pays non établi dans la noticeInstitution
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Molecular Medicine Partnership Unit pays non établi dans la noticeInstitution
Heidelberg University, Structural and Computational Biology Unit — European Molecular Biology Laboratory et European Molecular Biology Organization, avec 6 autres affiliations.
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