Applying nanopore sequencing technology in Paracoccidioides sp.: a high-quality DNA isolation method for next-generation genomic studies
Rattachement africain : ar. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Paracoccidioidomycosis is a severe systemic endemic mycosis caused by Paracoccidioides spp. which mainly affects individuals in Latin America. Progress in Paracoccidioides genomics has been slow, as evidenced by the incomplete reference databases available. Next-generation sequencing is a valuable tool for epidemiological surveillance and genomic characterization. With the ability to sequence long reads without the need for prior amplification, Oxford Nanopore Technology (ONT) offers several advantages, but high-quality and high-quantity DNA samples are required to achieve satisfactory results. Due to the low concentration of Paracoccidioides DNA in clinical samples and inefficient culture isolation methods, DNA extraction can be a significant barrier to genomic studies of this genus. This study proposes a method to obtain a high-coverage de novo genome assembly for Paracoccidioides using an improved DNA extraction method suitable for sequencing with ONT. The assembly obtained was comparable in size to those constructed from available data from Illumina technology. To our knowledge, this is the first genome assembly of Paracoccidioides sp. of such a large size constructed using ONT.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Applying nanopore sequencing technology in Paracoccidioides sp.: a high-quality DNA isolation method for next-generation genomic studies
- Date Crossref
- 21/10/2024
- Éditeur
- Microbiology Society
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas pays non établi dans la noticeOrganisme public
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National University of the Northeast pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Agricultural Technology Institute pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Tecnológicas (CONICET) pays non établi dans la noticeInstitution
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Instituto de Medicina Regional (IMR) pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Instituto de Investigación de la Cadena Láctea (IDICAL) pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Instituto de Botánica del Nordeste (IBONE pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas, National University of the Northeast et National Agricultural Technology Institute, avec 4 autres affiliations.
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