Localization and discrimination of GG mismatch in duplex DNA by synthetic ligand-enhanced protein nanopore analysis
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Le résumé fourni par la source
Mismatched base pairs in DNA are the basis of single-nucleotide polymorphism, one of the major issues in genetic diseases. However, the changes of physical and chemical properties of DNA caused by single-site mismatches are often influenced by the sequence and the structural flexibility of the whole duplex, resulting in a challenge of direct detection of the types and location of mismatches sensitively. In this work, we proposed a synthetic ligand-enhanced protein nanopore analysis of GG mismatch on DNA fragment, inspired by in silico investigation of the specific binding of naphthyridine dimer (ND) on GG mismatch. We demonstrated that both the importing and unzipping processes of the ligand-bound DNA duplex can be efficiently slowed down in α-hemolysin nanopore. This ligand-binding induced slow-down effect of DNA in nanopore is also sensitive to the relative location of the mismatch on DNA duplex. Especially, the GG mismatch close to the end of a DNA fragment, which is hard to be detected by either routine nanopore analysis or tedious nanopore sequencing, can be well differentiated by our ND-enhanced nanopore experiment. These findings provide a promising strategy to localize and discriminate base mismatches in duplex form directly at the single-molecule level.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Localization and discrimination of GG mismatch in duplex DNA by synthetic ligand-enhanced protein nanopore analysis
- Date Crossref
- 16/10/2024
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Guangzhou University Department of Chemistry and Chemical Engineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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RWTH Aachen University Department of Physics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Rome Tor Vergata pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Modena and Reggio Emilia pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Italian Institute of Technology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Univ Roma Tor Vergata pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Dipartimento di Scienze e Metodi dell’Ingegneria pays non établi dans la noticeInstitution
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Istituto Italiano di Tecnologia pays non établi dans la noticeInstitution
Department of Chemistry and Chemical Engineering — Guangzhou University, Department of Physics — RWTH Aachen University et University of Rome Tor Vergata, avec 5 autres affiliations.
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