Comparison of short‐read and long‐read next‐generation sequencing technologies for determining HIV‐1 drug resistance
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Le résumé fourni par la source
Accurate HIV-1 genome sequencing is necessary to identify drug resistance mutations (DRMs) in people with HIV-1 (PWH). Next-generation-sequencing (NGS) allows the detection of minor variants and is now available in many laboratories. Our study aimed to compare two NGS approaches, a "short read" sequencing protocol using DeepChek® Whole Genome HIV-1 Assay on Illumina, and a "long read" sequencing protocol of HIV-1 pol and env single-molecule real-time sequencing (SMRT) on Pacific Biosciences (PacBio). We analyzed 16 plasma samples and 13 cellular samples from PWH. HIV-1 whole genome was amplified into five amplicons using DeepChek® Whole Genome HIV-1 Assay and sequenced on an iSeq. 100. In parallel, HIV-1 pol and env genes were separately amplified and sequenced using PacBio SMRT system with the circular consensus sequencing mode on a Sequel IIe. Concordance rates for determining DRMs with both approaches varied depending on the HIV-1 region, with higher concordance in the integrase region compared to the reverse transcriptase and protease regions. DeepChek® Whole Genome HIV-1 Assay exhibited better sensitivity in HIV-1 RNA sequencing of plasmas with lower viral loads. In cell HIV-1 DNA sequencing, the DeepChek® Whole Genome HIV-1 Assay performed better in pol and env sequencing but detected more APOBEC-induced DRMs, which can represent defective proviruses. Our findings indicate that both DeepChek® Whole Genome HIV-1 Assay and PacBio SMRT sequencing exhibit good performance for subtype determination, detection, and quantification of DRMs of the HIV-1 genome. However, some discrepancies were found in cellular samples, highlighting the challenges of interpreting HIV-1 DNA DRMs.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Comparison of short‐read and long‐read next‐generation sequencing technologies for determining HIV‐1 drug resistance
- Date Crossref
- 01/10/2024
- Éditeur
- Wiley
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Centre National de la Recherche Scientifique pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Université Toulouse III - Paul Sabatier pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Inserm pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Université Fédérale de Toulouse Midi-Pyrénées pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Centre Hospitalier Universitaire de Toulouse pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Institut Toulousain des Maladies Infectieuses et Inflammatoires pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Université de Toulouse pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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CHU de Toulouse pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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ABL Diagnostics (ABLD) Woippy France pays non établi dans la noticeInstitution
Centre National de la Recherche Scientifique, Université Toulouse III - Paul Sabatier et Inserm, avec 6 autres affiliations.
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