Nitrate and ammonium, the yin and yang of nitrogen uptake: a time-course transcriptomic study in rice
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Le résumé fourni par la source
Nitrogen is an essential nutrient for plants and a major determinant of plant growth and crop yield. Plants acquire nitrogen mainly in the form of nitrate and ammonium. Both nitrogen sources affect plant responses and signaling pathways in a different way, but these signaling pathways interact, complicating the study of nitrogen responses. Extensive transcriptome analyses and the construction of gene regulatory networks, mainly in response to nitrate, have significantly advanced our understanding of nitrogen signaling and responses in model plants and crops. In this study, we aimed to generate a more comprehensive gene regulatory network for the major crop, rice, by incorporating the interactions between ammonium and nitrate. To achieve this, we assessed transcriptome changes in rice roots and shoots over an extensive time course under single or combined applications of the two nitrogen sources. This dataset enabled us to construct a holistic co-expression network and identify potential key regulators of nitrogen responses. Next to known transcription factors, we identified multiple new candidates, including the transcription factors OsRLI and OsEIL1, which we demonstrated to induce the primary nitrate-responsive genes OsNRT1.1b and OsNIR1. Our network thus serves as a valuable resource to obtain novel insights in nitrogen signaling.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Nitrate and ammonium, the yin and yang of nitrogen uptake: a time-course transcriptomic study in rice
- Date Crossref
- 23/08/2024
- Éditeur
- Frontiers Media SA
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Ghent University Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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VIB-UGent Center for Plant Systems Biology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Nanjing Agricultural University State Key Laboratory of Crop Genetics & Germplasm Enhancement and MOA Key Laboratory of Plant Nutrition and Fertilization in Lower Middle Reaches of the Yangtze River pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Université de Montpellier UMR DIADE pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Diversité pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institut de Recherche pour le Développement pays non établi dans la noticeOrganisme public
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VIB Center for Plant Systems Biology pays non établi dans la noticeInstitution
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VIB Screening Core pays non établi dans la noticeInstitution
Department of Plant Biotechnology and Bioinformatics — Ghent University, VIB-UGent Center for Plant Systems Biology et State Key Laboratory of Crop Genetics & Germplasm Enhancement and MOA Key Laboratory of Plant Nutrition and Fertilization in Lower Middle Reaches of the Yangtze River — Nanjing Agricultural University, avec 6 autres affiliations.
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