Large protein databases reveal structural complementarity and functional locality
Rattachement africain : pl, us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract Recent breakthroughs in protein structure prediction have led to an unprecedented surge in high-quality 3D models, highlighting the need for efficient computational solutions to manage and analyze this wealth of structural data. In our work, we comprehensively examine the structural clusters obtained from the AlphaFold Protein Structure Database (AFDB), a high-quality subset of ESMAtlas, and the Microbiome Immunity Project (MIP). We create a single cohesive low-dimensional representation of the resulting protein space. Our results show that, while each database occupies distinct regions within the protein structure space, they collectively exhibit significant overlap in their functional profiles. High-level biological functions tend to cluster in particular regions, revealing a shared functional landscape despite the diverse sources of data. By creating a single, cohesive low-dimensional representation of protein structure space integrating data from diverse sources, localizing functional annotations within this space, and providing an open-access web-server for exploration, this work offers insights for future research concerning protein sequence-structure-function relationships, enabling various biological questions to be asked about taxonomic assignments, environmental factors, or functional specificity. This approach is generalizable to other or future datasets, enabling further discovery beyond findings presented here.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Large protein databases reveal structural complementarity and functional locality
- Date Crossref
- 17/08/2024
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Jagiellonian University Małopolska Centre of Biotechnology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Flatiron Health (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Flatiron Institute Center for Computational Biology pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Open Geospatial Consortium pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Open Molecular Software Foundation pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Sano Centre for Computational Medicine pays non établi dans la noticeInstitution
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Faculty of Mathematics and Computer Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Małopolska Centre of Biotechnology — Jagiellonian University, Flatiron Health (United States) et Center for Computational Biology — Flatiron Institute, avec 4 autres affiliations.
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