Approach for Phased Sequence-Based Genotyping of the Critical Pharmacogene Dihydropyrimidine Dehydrogenase (DPYD)
Rattachement africain : ch, us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Pre-treatment genotyping of four well-characterized toxicity risk-variants in the dihydropyrimidine dehydrogenase gene (DPYD) has been widely implemented in Europe to prevent serious adverse effects in cancer patients treated with fluoropyrimidines. Current genotyping practices are largely limited to selected commonly studied variants and are unable to determine phasing when more than one variant allele is detected. Recent evidence indicates that common DPYD variants modulate the functional impact of deleterious variants in a phase-dependent manner, where a cis- or a trans-configuration translates into different toxicity risks and dosing recommendations. DPYD is a large gene with 23 exons spanning nearly a mega-base of DNA, making it a challenging candidate for full-gene sequencing in the diagnostic setting. Herein, we present a time- and cost-efficient long-read sequencing approach for capturing the complete coding region of DPYD. We demonstrate that this method can reliably produce phased genotypes, overcoming a major limitation with current methods. This method was validated using 21 subjects, including two cancer patients, each of whom carried multiple DPYD variants. Genotype assignments showed complete concordance with conventional approaches. Furthermore, we demonstrate that the method is robust to technical challenges inherent in long-range sequencing of PCR products, including reference alignment bias and PCR chimerism.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Approach for Phased Sequence-Based Genotyping of the Critical Pharmacogene Dihydropyrimidine Dehydrogenase (DPYD)
- Date Crossref
- 11/07/2024
- Éditeur
- MDPI AG
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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University of Bern Graduate School for Cellular and Biomedical Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University Hospital of Bern Department of Clinical Chemistry pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Kantonsspital Graubünden pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of Iowa pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Cantonal Hospital Graubünden Department of Medical Oncology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Carver College of Medicine Department of Pathology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Graduate School for Cellular and Biomedical Sciences — University of Bern, Department of Clinical Chemistry — University Hospital of Bern et Kantonsspital Graubünden, avec 3 autres affiliations.
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