Identification of an endonuclease and N6-adenine methyltransferase from Ureaplasma parvum SV3F4 strain
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Le résumé fourni par la source
A methyltransferase) in the Ureaplasma parvum SV3F4 strain. Our previous study found that the SV3F4 strain carries 17 unique genes, which are not encoded in the two previously reported U. parvum serovar 3 strain, OMC-P162 and ATCC 700970. Of these 17 unique genes, UP3_c0261 and UP3_c0262, were originally annotated as encoding hypothetical proteins. Comparative genomics analyses more recently indicated they encode a Type II restriction endonuclease and an m6A methyltransferase, respectively. The UP3_c0261 and UP3_c0262 genes were individually expressed and purified in Escherichia coli. The UP3_c0261 recombinant protein showed endonuclease activity on the pT7Blue vector, recognizing and cleaving a GTNAC motif, resulting in a 5 base 5' extension. The UP3_c0261 protein digested a polymerase chain reaction (PCR) product harboring the GTNAC motif. The endonuclease UP3_c0261 was designated as UpaF4I. Treatment of the PCR product with the recombinant protein UP3_c0262 completely blocked the restriction enzyme activity of UpaF4I. Analysis of the treated PCR product harboring a modified nucleotide by UP3_c0262 with HPLC-MS/MS and MS/MS showed that UP3_c0262 was an m6A methyltransferase containing a methylated A residue in both DNA strands of the GTNAC motif. Whole genome methylation analysis of SV3F4 showed that 99.9 % of the GTNAC motif was m6A modified. These results suggest the UP3_c0261 and UP3_c0262 genes may act as a novel Type II restriction-modification system in the Ureaplasma SV3F4 strain.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Identification of an endonuclease and N6-adenine methyltransferase from Ureaplasma parvum SV3F4 strain
- Date Crossref
- 01/10/2024
- Éditeur
- Elsevier BV
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Osaka Women's and Children's Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Kindai University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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The University of Osaka pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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New England Biolabs (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Kwansei Gakuin University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Kyoto University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Research Institute Department of Developmental Medicine pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Graduate School of Biology-Oriented Science and Technology Department of Developmental Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Graduate School of Pharmaceutical Sciences Center for Supporting Drug Discovery and Life Science Research pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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New England Biolabs Inc. pays non établi dans la noticeEntreprise
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School of Biological and Environmental Sciences Department of Biosciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Graduate School of Agriculture Division of Food Science and Biotechnology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Osaka Women's and Children's Hospital, Kindai University et The University of Osaka, avec 9 autres affiliations.
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