Subpocket Similarity-Based Hit Identification for Challenging Targets: Application to the WDR Domain of LRRK2
Rattachement africain : fr, ca, dk. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
We herewith applied a priori a generic hit identification method (POEM) for difficult targets of known three-dimensional structure, relying on the simple knowledge of physicochemical and topological properties of a user-selected cavity. Searching for local similarity to a set of fragment-bound protein microenvironments of known structure, a point cloud registration algorithm is first applied to align known subpockets to the target cavity. The resulting alignment then permits us to directly pose the corresponding seed fragments in a target cavity space not typically amenable to classical docking approaches. Last, linking potentially connectable atoms by a deep generative linker enables full ligand enumeration. When applied to the WD40 repeat (WDR) central cavity of leucine-rich repeat kinase 2 (LRRK2), an unprecedented binding site, POEM was able to quickly propose 94 potential hits, five of which were subsequently confirmed to bind in vitro to LRRK2-WDR.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Subpocket Similarity-Based Hit Identification for Challenging Targets: Application to the WDR Domain of LRRK2
- Date Crossref
- 25/06/2024
- Éditeur
- American Chemical Society (ACS)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Centre National de la Recherche Scientifique pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Université de Strasbourg Laboratoire d’innovation thérapeutique pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University Health Network Princess Margaret Cancer Centre pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of Toronto Structural Genomics Consortium pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Princess Margaret Cancer Centre pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Structural Genomics Consortium pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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University of Copenhagen pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Centre National de la Recherche Scientifique, Laboratoire d’innovation thérapeutique — Université de Strasbourg et Princess Margaret Cancer Centre — University Health Network, avec 4 autres affiliations.
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