Limitations in next-generation sequencing-based genotyping of breast cancer polygenic risk score loci
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Le résumé fourni par la source
Considering polygenic risk scores (PRSs) in individual risk prediction is increasingly implemented in genetic testing for hereditary breast cancer (BC) based on next-generation sequencing (NGS). To calculate individual BC risks, the Breast and Ovarian Analysis of Disease Incidence and Carrier Estimation Algorithm (BOADICEA) with the inclusion of the BCAC 313 or the BRIDGES 306 BC PRS is commonly used. The PRS calculation depends on accurately reproducing the variant allele frequencies (AFs) and, consequently, the distribution of PRS values anticipated by the algorithm. Here, the 324 loci of the BCAC 313 and the BRIDGES 306 BC PRS were examined in population-specific database gnomAD and in real-world data sets of five centers of the German Consortium for Hereditary Breast and Ovarian Cancer (GC-HBOC), to determine whether these expected AFs can be reproduced by NGS-based genotyping. Four PRS loci were non-existent in gnomAD v3.1.2 non-Finnish Europeans, further 24 loci showed noticeably deviating AFs. In real-world data, between 11 and 23 loci were reported with noticeably deviating AFs, and were shown to have effects on final risk prediction. Deviations depended on the sequencing approach, variant caller and calling mode (forced versus unforced) employed. Therefore, this study demonstrates the necessity to apply quality assurance not only in terms of sequencing coverage but also observed AFs in a sufficiently large cohort, when implementing PRSs in a routine diagnostic setting. Furthermore, future PRS design should be guided by the technical reproducibility of expected AFs across commonly used genotyping methods, especially NGS, in addition to the observed effect sizes.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Limitations in next-generation sequencing-based genotyping of breast cancer polygenic risk score loci
- Date Crossref
- 21/06/2024
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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German Cancer Research Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Heidelberg University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Helmholtz-Zentrum Dresden-Rossendorf pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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German Cancer Society pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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National Center for Tumor Diseases pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University Hospital Carl Gustav Carus Institute for Clinical Genetics pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Nationales Centrum für Tumorerkrankungen Dresden pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Deutsches Konsortium für Translationale Krebsforschung pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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German Cancer Consortium (DKTK) Dresden pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Technische Universität Dresden pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University Hospital Münster Department of Medical Genetics pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
German Cancer Research Center, Heidelberg University et Helmholtz-Zentrum Dresden-Rossendorf, avec 9 autres affiliations.
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