The Complete Chloroplast Genome of Medinilla tapete-magicum (Melastomataceae) from Sulawesi, Indonesia
Rattachement africain : us, id. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
In this study, the genome of an endemic Sulawesi’s plant, Medinilla tapete-magicum was sequenced using Illumina NextSeq 500 and assembled the whole chloroplast genome. Results showed that the cpGenome is 155,602 bp in size with typical quadripartite structure of a large single copy (LSC) region (85,409 bp), a short single copy (SSC) region (16,629 bp), and a pair of inverted repeats (IRs) regions (26,782 bp). The cpGenome is composed of 132 genes, which consists of 87 protein coding genes, 37 tRNAs, and 8 rRNAs. The sliding window analyses showed that psbB-psbH and ndhF-rpl32 can potentially be used as markers. Microsatellite motifs of mononucleotide A and T dominated in the cpGenome. The phylogenetic trees from the concatenated 76 shared protein coding gene sequences showed the Medinilla clade was monophyletic and M. tapete-magicum is a sister species in the SE Asian clade which contain M. magnifica and M. speciosa.
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Le contrôle bibliographique ouvert
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- Titre Crossref
- The Complete Chloroplast Genome of <i>Medinilla tapete-magicum</i> (Melastomataceae) from Sulawesi, Indonesia
- Date Crossref
- 24/05/2024
- Éditeur
- Universitas Gadjah Mada
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Center for Plant Conservation pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Indonesian Agency for Agricultural Research and Development pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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National Research and Innovation Agency pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Yogyakarta State University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Research Center for Applied Botany pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Faculty of Mathematics and Natural Sciences Department of Biology Education pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Research Center for Biosystematics and Evolution pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Research Organisation for Life Sciences and Environment pays non établi dans la noticeInstitution
Center for Plant Conservation, Indonesian Agency for Agricultural Research and Development et National Research and Innovation Agency, avec 5 autres affiliations.
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