Mapping the Evolutionary Space of SARS-CoV-2 Variants to Anticipate Emergence of Subvariants Resistant to COVID-19 Therapeutics
Rattachement africain : us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
New sublineages of SARS-CoV-2 variants-of-concern (VOCs) continuously emerge with mutations in the spike glycoprotein. In most cases, the sublineage-defining mutations vary between the VOCs. It is unclear whether these differences reflect lineage-specific likelihoods for mutations at each spike position or the stochastic nature of their appearance. Here we show that SARS-CoV-2 lineages have distinct evolutionary spaces (a probabilistic definition of the sequence states that can be occupied by expanding virus subpopulations). This space can be accurately inferred from the patterns of amino acid variability at the whole-protein level. Robust networks of co-variable sites identify the highest-likelihood mutations in new VOC sublineages and predict remarkably well the emergence of subvariants with resistance mutations to COVID-19 therapeutics. Our studies reveal the contribution of low frequency variant patterns at heterologous sites across the protein to accurate prediction of the changes at each position of interest.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Mapping the Evolutionary Space of SARS-CoV-2 Variants to Anticipate Emergence of Subvariants Resistant to COVID-19 Therapeutics
- Date Crossref
- 10/06/2024
- Éditeur
- Public Library of Science (PLoS)
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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University of Iowa Department of Microbiology and Immunology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Iowa State University Department of Industrial and Manufacturing Systems Engineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Pittsburgh Departments of Immunology and Computational & Systems Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Iowa Hospitals and Clinics pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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College of Public Health Department of Biostatistics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Department of Microbiology and Immunology — University of Iowa, Department of Industrial and Manufacturing Systems Engineering — Iowa State University et Departments of Immunology and Computational & Systems Biology — University of Pittsburgh, avec 2 autres affiliations.
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