De novo transcriptome assembly of a lipoxygenase knock-down strain in the diatom Pseudo-nitzschia arenysensis
Rattachement africain : it. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Diatoms are microalgae that live in marine and freshwater environments and are responsible for about 20% of the world's carbon fixation. Population dynamics of these cells is finely regulated by intricate signal transduction systems, in which oxylipins are thought to play a relevant role. These are oxygenated fatty acids whose biosynthesis is initiated by a lipoxygenase enzyme (LOX) and are widely distributed in all phyla, including diatoms. Here, we present a de novo transcriptome obtained from the RNA-seq performed in the diatom species Pseudo-nitzschia arenysensis, using both a wild-type and a LOX-silenced strain, which will represent a reliable reference for comparative analyses within the Pseudo-nitzschia genus and at a broader taxonomic scale. Moreover, the RNA-seq data can be interrogated to go deeper into the oxylipins metabolic pathways.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- De novo transcriptome assembly of a lipoxygenase knock-down strain in the diatom Pseudo-nitzschia arenysensis
- Date Crossref
- 22/05/2024
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Stazione Zoologica Anton Dohrn pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institute of Protein Biochemistry pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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National Research Council pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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National Institute of Oceanography and Applied Geophysics pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institute of Biochemistry and Cell Biology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Integrative Marine Ecology pays non établi dans la noticeInstitution
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Department of Research Infrastructures for marine biological resources pays non établi dans la noticeInstitution
Stazione Zoologica Anton Dohrn, Institute of Protein Biochemistry et National Research Council, avec 4 autres affiliations.
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