Identification of Breed-Specific SNPs in Ethiopian Indigenous and European Beef Cattle Breeds and how they May Influence Adaptation and Selection Signatures
Rattachement africain : Éthiopie, kr. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Background: Understanding the genetic foundation of locally adapted indigenous cattle breeds is critical information for developing appropriate genetic improvement and conservation initiatives. To investigate breed-specific SNPs, and minor allele frequency of three Ethiopian cattle breeds Begait, (n = 40), Boran (n = 40), and Fogera (n = 43) were genotyped with 80K SNP array. Three European beef cattle breeds (Angus, n = 42), Hereford (n = 35), and Charolais (n = 37) were also used for comparison. Results: The average minor allele frequency was 0.19 ± 0.17, 0.20 ± 0.17, 0.21± 0.17, 0.31 ± 0.13, 0.32 ± 0.12, 0.32 ± 0.13 for Angus, Herford, Charolais, Boran, Fogera, and Begait cattle, respectively. Minor allele frequency difference was observed between Ethiopian indigenous and European beef cattle breeds. Across the Ethiopian and European cattle breeds, a common variant minor allele frequency (≥0.10 and ≤ 0.5) accounted 94% and 62%, respectively. A total of 7759 and 48 SNPs were identified as breed-specific in Ethiopian cattle breeds and European beef cattle breeds respectively. These SNPs resided with 3364 genes for Ethiopian cattle breeds and 17 genes for European beef cattle breeds. Interestingly important biological processes and pathways related to tropical adaptation in Ethiopian cattle populations were identified through gene Ontology analysis. Conclusions: The higher minor allele frequency and breed-specific SNPs detected in Ethiopian indigenous breeds show the presence of high genetic variability. This genetic variation in Ethiopian cattle breeds is used as a potential source for future breeding programs.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Identification of Breed-Specific SNPs in Ethiopian Indigenous and European Beef Cattle Breeds and how they May Influence Adaptation and Selection Signatures
- Date Crossref
- 31/12/2023
- Éditeur
- IK Press
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Ethiopian Institute of Agricultural Research Éthiopie (code pays fourni par la source)Université ou école supérieure
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Bio and Emerging Technology Institute Addis Ababa, Éthiopie (code pays fourni par la source)Structure de recherche
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Addis Ababa University Addis Ababa University, Éthiopie (code pays fourni par la source)Université ou école supérieure
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Chungbuk National University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Agricultural Biotechnology Research Center Éthiopie (pays nommé en fin d’affiliation)Structure de recherche
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International Livestock Research Institute Addis Ababa, Éthiopie (pays nommé en fin d’affiliation)Structure de recherche
Ethiopian Institute of Agricultural Research (Éthiopie), Bio and Emerging Technology Institute (Addis Ababa, Éthiopie) et Addis Ababa University (Addis Ababa University, Éthiopie), avec 3 autres affiliations. Pays d’affiliation : Éthiopie.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.