Phylogenomic Characterization of Ranavirus Isolated from Wild Smallmouth Bass (Micropterus dolomieu)
Rattachement africain : us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
In September 2021, 14 smallmouth bass (SMB; Micropterus dolomieu) with skin lesions were collected from Green Bay waters of Lake Michigan and submitted for diagnostic evaluation. All the skin samples tested positive for largemouth bass virus (LMBV) by conventional PCR. The complete genome of the LMBV (99,328 bp) isolated from a homogenized skin sample was determined using an Illumina MiSeq sequencer. A maximum likelihood (ML) phylogenetic analysis based on the 21 core iridovirus genes supported the LMBV isolated from SMB (LMBV-WVL21117) as a member of the species Santee-Cooper ranavirus. Pairwise nucleotide comparison of the major capsid protein (MCP) gene showed that LMBV-WVL21117 is identical to other LMBV reported from the United States and nearly identical to doctor fish virus and guppy virus 6 (99.2%) from Southeast Asia, as well as LMBV isolates from China and Thailand (99.1%). In addition, ML phylogenetic analysis based on the MCP gene suggests three genotypes of LMBV separated by region: genotype one from the United States, genotype two from Southeast Asia, and genotype three from China and Thailand. Additional research is needed to understand the prevalence and genetic diversity of LMBV strains circulating in wild and managed fish populations from different regions.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Phylogenomic Characterization of Ranavirus Isolated from Wild Smallmouth Bass (Micropterus dolomieu)
- Date Crossref
- 30/04/2024
- Éditeur
- MDPI AG
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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University of Florida Emerging Pathogens Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Wisconsin–Madison pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Wisconsin Department of Natural Resources pays non établi dans la noticeOrganisme public
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College of Veterinary Medicine Department of Infectious Diseases and Immunology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Wisconsin-Madison Wisconsin Veterinary Diagnostic Laboratory pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Emerging Pathogens Institute — University of Florida, University of Wisconsin–Madison et Wisconsin Department of Natural Resources, avec 2 autres affiliations.
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