Unraveling the Catalytic Mechanism of β-Cyclodextrin in the Vitamin D Formation
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Le résumé fourni par la source
Methylation of a cytidine deaminase inhibitor, 1-(β- d -ribofuranosyl)-2-pyrimidone (i.e., zebularine (zeb)), which produces 1-(β- d -ribofuranosyl)-5-methyl-2-pyrimidinone (d5), has been investigated using density functional theory models. The optimized structures of zeb and d5 and the valence orbitals primarily responsible for the methylation in d5 are presented using state-of-the-art interactive (on a computer or online) three-dimensional (3D) graphics in a portable document format (pdf) file, 3D-PDF ( http://www.web3d.org/x3d/vrml/ ). The facility to embed 3D molecular structures into pdf documents has been developed jointly at Swinburne University of Technology and the National Computational Infrastructure, the Australian National University. The methyl fragment in the base moiety shows little effect on the sugar puckering but apparently affects anisotropic properties, such as condensed Fukui functions. Binding energy spectra, both valence space and core space, are noticeably affected; in particular, in the outer-valence space (e.g., IP < 20 eV). The methyl fragment delocalizes and diffuses into almost all valence space, but orbitals 8 (57a, IP = 12.57 eV), 18 (47a, IP = 14.70 eV), and 37 (28a, IP = 22.15 eV) are identified as fingerprint for the methyl fragment. In the inner shell, however, the impact of the methyl can be localized and identified by chemical shift. A small, global, red shift is found for the O−K, N−K and sugar C−K spectra, whereas the base C−K spectrum exhibits apparent methyl-related changes.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Unraveling the Catalytic Mechanism of β-Cyclodextrin in the Vitamin D Formation
- Date Crossref
- 10/04/2024
- Éditeur
- American Chemical Society (ACS)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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University of Vienna Institute of Theoretical Chemistry pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Universidade de Santiago de Compostela Departamento de Química Física pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Medical University of Graz Laboratory of Computer-Aided Molecular Design pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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BioTechMed-Graz pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Center for Research in Molecular Medicine and Chronic Diseases pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Departamento de Química Física pays non établi dans la noticeInstitution
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Centro Singular de Investigación en Química Biolóxica e Materiais Moleculares (CIQUS) pays non établi dans la noticeInstitution
Institute of Theoretical Chemistry — University of Vienna, Departamento de Química Física — Universidade de Santiago de Compostela et Laboratory of Computer-Aided Molecular Design — Medical University of Graz, avec 4 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.