Accès ouvert déclaré 2022 dataset

A georeferenced rRNA amplicon database of aquatic microbiomes from South America

Sebastián Metz, Paula Huber, Erick Mateus‐Barros, Pedro C. Junger, Michaela Ladeira de Melo, Inessa Lacativa Bagatini, Irina Izaguirre, Mariana Câmara dos Reis, María Eugenia Llames, Victoria Accattatis, María Victoria Quiroga, Melina Devercelli, María Romina Schiaffino, Juan Pablo Niño‐García, Marcela Bastidas Navarro, Beatriz Estela Modenutti, Helena Henriques Vieira, Martín Saraceno, Carmen Sabio y García, Emiliano Pereira-Flores, Álvaro González-Revello, Claudia Piccini, Fernando Unrein, Cecília Alonso, Hugo Sarmento

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Rattachement africain : fr, ar, br, ca, co, uy. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.

Le résumé fourni par la source

Here we present the samples and data used in Metz & Huber et al. (2022) to construct µSudAqua[db]. µSudAqua[db] contains over 866 georeferenced samples with contextual environmental information manually revised. For its integration and validation, we constructed a curated database (µSudAqua[db.sp]) using the DADA2 pipeline (https://github.com/microsudaqua/usudaquadb). It comprised ~60% of the total georeferenced samples of the µSudAqua[db]. Here we provide five files compressed in a zip file (microsudaqua_data_V1.0_July2022.zip). The microsudaqua_metadata_V1.0_July2022.tsv presents the metadata associated with the samples used to build the µSudAqua[db] database. For samples included in the µSudAqua[db.sp] database, the number of high-quality reads and Amplicon Sequences Variants (ASVs) defined is also indicated. The archive microsudaqua_rawtable_V1.0_July2022.tsv harvests the number of reads in each sample (µSudAqua[db.sp]). The archive microsudaqua_rawseqs_V1.0_July2022.fasta harvests the nucleotide sequences of each ASV (µSudAqua[db.sp]). The archive microsudaqua_rawtaxonomy_blast_silva132_nr99_V1.0_July2022.tsv harvests taxonomic classification of each ASV (µSudAqua[db.sp]). The archive microsudaqua_bacteria_filtered_50reads_with_taxonomy_V1.0_July2022.tsv harvests the Bacterial filtered ASVs, with more than 50 reads in at least three samples (µSudAqua[db.sp]). Further information regarding data usage and processing is available in the @microsudaqua GitHub (https://github.com/microsudaqua/usudaquadb)

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