Multi-way modelling of oral microbial dynamics and host-microbiome interactions during induced gingivitis
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Abstract Gingivitis - the inflammation of the gums - is a reversible stage of periodontal disease. It is caused by dental plaque formation due to poor oral hygiene. However, gingivitis susceptibility involves a complex set of interactions between the oral microbiome, oral metabolome and the host. In this study, we investigated the dynamics of the oral microbiome and its interactions with the salivary metabolome during experimental gingivitis in a cohort of 41 systemically healthy participants. We use Parallel Factor Analysis (PARAFAC), which is a multi-way generalization of Principal Component Analysis (PCA) that can model the variability in the response due to subjects, variables and time. Using the modelled responses, we identified microbial subcommunities with similar dynamics that connect to the magnitude of the gingivitis response. By performing high level integration of the predicted metabolic functions of the microbiome and salivary metabolome, we identified pathways of interest that describe the changing proportions of Gram-positive and Gram-negative microbiota, variation in anaerobic bacteria, biofilm formation and virulence.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Multi-way modelling of oral microbial dynamics and host-microbiome interactions during induced gingivitis
- Date Crossref
- 19/03/2024
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Où se fait cette recherche
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University of Amsterdam Swammerdam Institute for Life Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Academic Center for Dentistry Amsterdam pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Vrije Universiteit Amsterdam pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Netherlands Consortium for Healthy Ageing pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Microbiology and Systems Biology pays non établi dans la noticeInstitution
Swammerdam Institute for Life Sciences — University of Amsterdam, Academic Center for Dentistry Amsterdam et Vrije Universiteit Amsterdam, avec 2 autres affiliations.
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