Phylogenetic signal in primate tooth enamel proteins and its relevance for paleoproteomics
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Abstract Ancient tooth enamel, and to some extent dentin and bone, contain characteristic peptides that persist for long periods of time. In particular, peptides from the enamel proteome (enamelome) have been used to reconstruct the phylogenetic relationships of fossil specimens and to estimate divergence times. However, the enamelome is based on only about 10 genes, whose protein products undergo fragmentation post mortem . Moreover, some of the enamelome genes are paralogous or may coevolve. This raises the question as to whether the enamelome provides enough information for reliable phylogenetic inference. We address these considerations on a selection of enamel-associated proteins that has been computationally predicted from genomic data from 232 primate species. We created multiple sequence alignments (MSAs) for each protein and estimated the evolutionary rate for each site and examined which sites overlap with the parts of the protein sequences that are typically isolated from fossils. Based on this, we simulated ancient data with different degrees of sequence fragmentation, followed by phylogenetic analysis. We compared these trees to a reference species tree. Up to a degree of fragmentation that is similar to that of fossil samples from 1-2 million years ago, the phylogenetic placements of most nodes at family level are consistent with the reference species tree. We found that the composition of the proteome influences the phylogenetic placement of Tarsiiformes. For the inference of molecular phylogenies based on paleoproteomic data, we recommend characterizing the evolution of the proteomes from the closest extant relatives to maximize the reliability of phylogenetic inference.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Phylogenetic signal in primate tooth enamel proteins and its relevance for paleoproteomics
- Date Crossref
- 29/02/2024
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Où se fait cette recherche
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Universitat Pompeu Fabra pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Barcelona Biomedical Research Park pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institut de Biologia Evolutiva pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Université de Montréal Département de Sciences Biologiques pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Universitat Autònoma de Barcelona pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institut Català de Paleontologia Miquel Crusafont pays non établi dans la noticeInstitution
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University of Salford pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Copenhagen Globe Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Utah Department of Human Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of California Ecology and Evolutionary Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Illumina (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Institució Catalana de Recerca i Estudis Avançats pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
Universitat Pompeu Fabra, Barcelona Biomedical Research Park et Institut de Biologia Evolutiva, avec 9 autres affiliations.
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