BANKSY unifies cell typing and tissue domain segmentation for scalable spatial omics data analysis
Rattachement africain : sg. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Spatial omics data are clustered to define both cell types and tissue domains. We present Building Aggregates with a Neighborhood Kernel and Spatial Yardstick (BANKSY), an algorithm that unifies these two spatial clustering problems by embedding cells in a product space of their own and the local neighborhood transcriptome, representing cell state and microenvironment, respectively. BANKSY's spatial feature augmentation strategy improved performance on both tasks when tested on diverse RNA (imaging, sequencing) and protein (imaging) datasets. BANKSY revealed unexpected niche-dependent cell states in the mouse brain and outperformed competing methods on domain segmentation and cell typing benchmarks. BANKSY can also be used for quality control of spatial transcriptomics data and for spatially aware batch effect correction. Importantly, it is substantially faster and more scalable than existing methods, enabling the processing of millions of cell datasets. In summary, BANKSY provides an accurate, biologically motivated, scalable and versatile framework for analyzing spatially resolved omics data.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- BANKSY unifies cell typing and tissue domain segmentation for scalable spatial omics data analysis
- Date Crossref
- 27/02/2024
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Agency for Science pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Genome Institute of Singapore Spatial and Single Cell Systems Domain pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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National University of Singapore Department of Chemical and Biomolecular Engineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Bioinformatics Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Nanyang Technological University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Singapore Institute for Clinical Sciences pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Singapore Eye Research Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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National University Cancer Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Cancer Science Institute of Singapore pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Faculty of Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Veranome Biosystems pays non établi dans la noticeInstitution
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International Research Laboratory on Artificial Intelligence pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Agency for Science, Spatial and Single Cell Systems Domain — Genome Institute of Singapore et Department of Chemical and Biomolecular Engineering — National University of Singapore, avec 9 autres affiliations.
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