Rapid and sensitive detection of genome contamination at scale with FCS-GX
Rattachement africain : us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Assembled genome sequences are being generated at an exponential rate. Here we present FCS-GX, part of NCBI's Foreign Contamination Screen (FCS) tool suite, optimized to identify and remove contaminant sequences in new genomes. FCS-GX screens most genomes in 0.1-10 min. Testing FCS-GX on artificially fragmented genomes demonstrates high sensitivity and specificity for diverse contaminant species. We used FCS-GX to screen 1.6 million GenBank assemblies and identified 36.8 Gbp of contamination, comprising 0.16% of total bases, with half from 161 assemblies. We updated assemblies in NCBI RefSeq to reduce detected contamination to 0.01% of bases. FCS-GX is available at https://github.com/ncbi/fcs/ or https://doi.org/10.5281/zenodo.10651084 .
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Rapid and sensitive detection of genome contamination at scale with FCS-GX
- Date Crossref
- 26/02/2024
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Les institutions déclarées
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