Whole mitochondrial genome sequencing provides new insights into the phylogeography of loggerhead turtles (Caretta caretta) in the Mediterranean Sea
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Le résumé fourni par la source
Abstract Population structure and phylogeography of the loggerhead sea turtle (Caretta caretta) have so far been assessed mainly by mitochondrial DNA (mtDNA) single-gene sequencing studies. However, phylogenetic relationships amongst matrilines, genetic characterisation of rookeries and mixed-stock analyses have suffered from the limited resolution obtained by comparison of relatively short sequences such as from the mtDNA control region. Whole mitogenome sequencing can significantly improve population genetics, particularly in marine organisms showing female natal philopatry. Despite mitogenomics becoming increasingly common in biodiversity monitoring and conservation, only a few complete mitogenomes are available for C. caretta. In this study, we sequenced the complete mtDNA of 61 loggerhead turtles sampled between 2008 and 2021 along the Italian coastline and central Mediterranean Sea. We assigned complete mtDNA haplotypes to dead embryos and bycatch samples, and introduced a first nomenclature for loggerhead mitogenomes. Analysis of mtDNA diversity, Maximum Parsimony and Bayesian phylogenetic reconstruction allowed improved resolution of lineages with respect to studies reporting on partial mtDNA control region sequence comparisons, and we were able to further inform previous analyses on loggerhead ancestry based on control region haplogroups. Overall, whole mitogenome analysis has potential for considerable improvement of evolutionary history and phylogeographic investigations as well as mixed-stock surveys of loggerhead turtles.
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Le contrôle bibliographique ouvert
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- Titre Crossref
- Whole mitochondrial genome sequencing provides new insights into the phylogeography of loggerhead turtles (Caretta caretta) in the Mediterranean Sea
- Date Crossref
- 23/11/2023
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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University of Florence Department of Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Regioni Lazio e Toscana pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Rome Tor Vergata pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Siena Department of Physical Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Associazione Italiana Vulvodinia Onlus pays non établi dans la noticeInstitution
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Marine Conservation Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Agenzia Regionale per la Protezione Ambientale della Toscana pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of Padua Department of Comparative Biomedicine and Food Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Calabria Department of Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Pisa Natural History Museum pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Biodiversity Future Center pays non établi dans la noticeInstitution
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Istituto Zooprofilattico Sperimentale del Lazio e Della Toscana “M. Aleandri” pays non établi dans la noticeInstitution
Department of Biology — University of Florence, Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Regioni Lazio e Toscana et University of Rome Tor Vergata, avec 9 autres affiliations.
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