Polygenic and transcriptional risk scores identify chronic obstructive pulmonary disease subtypes
Rattachement africain : us, ca, au. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Rationale: Chronic obstructive pulmonary disease (COPD) is heterogeneous. We hypothesized that COPD subgroups defined by both genetic risk (polygenic risk score, PRS) and blood gene expression (transcriptional risk score, TRS) would differ in disease severities, activities, and risk for progression. Methods: We created two PRS and three TRS groups in a training set [n=1,374 non-Hispanic white (NHW) COPDGene participants], which we characterized using STRING protein-protein interaction network analyses. We applied Enrichr drug repurposing analyses and multivariable regressions to test group associations with COPD-related outcomes, adjusting for confounders. We examined these six omics-defined groups in non-overlapping test sets [n=1,133 NHW COPDGene, n=468 ECLIPSE]. Results: Two groups differed substantially, defining ‘high disease activity’ and ‘severe disease risk’ subtypes. ‘High disease activity’ participants had low PRS/high TRS, accelerated prospective FEV1 decline (COPDGene: -51 mL/year; ECLIPSE: -40 mL/year), and altered MMP12, TGF-β, and IL-16 biology. ‘Severe disease risk’ participants had high PRS/high TRS, lower spirometry, greater emphysema and airway thickness, and changes in IL-20 and TNF signaling. Both subtypes had lower mean BMI than other subtypes, with altered growth hormone, leptin, and prolactin levels. ‘High disease activity’ individuals were enriched in gene sets perturbed by treatment with fibrates, calcium channel blockers, and antithyroid medications, and “severe disease risk” individuals by treatment with 5-lipoxygenase and angiotensin-converting enzyme inhibitors. Conclusions: PRS and TRS identified subtypes with distinct clinical and biological features.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Polygenic and transcriptional risk scores identify chronic obstructive pulmonary disease subtypes
- Date Crossref
- 09/09/2023
- Éditeur
- European Respiratory Society
- Type
- proceedings-article
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Où se fait cette recherche
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Brigham and Women's Hospital Department of Medicine pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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SUNY Upstate Medical University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Jewish Health pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of Colorado Denver pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Northeastern University Department of Electrical and Computer Engineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Colorado Anschutz Department of Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Alabama at Birmingham Department of Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of British Columbia St. Paul's Hospital pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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St. Paul's Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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COPD Foundation pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Novartis (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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The University of Melbourne Lung Health Research Centre pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Department of Medicine — Brigham and Women's Hospital, SUNY Upstate Medical University et National Jewish Health, avec 9 autres affiliations.
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