CasPEDIA Database: a functional classification system for class 2 CRISPR-Cas enzymes
Rattachement africain : us, nl, au, lt, nz. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
CRISPR-Cas enzymes enable RNA-guided bacterial immunity and are widely used for biotechnological applications including genome editing. In particular, the Class 2 CRISPR-associated enzymes (Cas9, Cas12 and Cas13 families), have been deployed for numerous research, clinical and agricultural applications. However, the immense genetic and biochemical diversity of these proteins in the public domain poses a barrier for researchers seeking to leverage their activities. We present CasPEDIA (http://caspedia.org), the Cas Protein Effector Database of Information and Assessment, a curated encyclopedia that integrates enzymatic classification for hundreds of different Cas enzymes across 27 phylogenetic groups spanning the Cas9, Cas12 and Cas13 families, as well as evolutionarily related IscB and TnpB proteins. All enzymes in CasPEDIA were annotated with a standard workflow based on their primary nuclease activity, target requirements and guide-RNA design constraints. Our functional classification scheme, CasID, is described alongside current phylogenetic classification, allowing users to search related orthologs by enzymatic function and sequence similarity. CasPEDIA is a comprehensive data portal that summarizes and contextualizes enzymatic properties of widely used Cas enzymes, equipping users with valuable resources to foster biotechnological development. CasPEDIA complements phylogenetic Cas nomenclature and enables researchers to leverage the multi-faceted nucleic-acid targeting rules of diverse Class 2 Cas enzymes.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- CasPEDIA Database: a functional classification system for class 2 CRISPR-Cas enzymes
- Date Crossref
- 27/10/2023
- Éditeur
- Oxford University Press (OUP)
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
-
QB3 pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
-
Innovative Genomics Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
University of California California Institute for Quantitative Biosciences (QB3) pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Howard Hughes Medical Institute pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Planetary Science Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
-
Lawrence Berkeley National Laboratory EGSB Division pays non établi dans la noticeStructure de recherche
-
Utrecht University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Hampton University Department of Chemistry and Biochemistry pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Monash University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Arizona State University The Biodesign Institute pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Vilnius University LSC-EMBL Partnership Institute for Genome Editing Technologies pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
-
Harvard University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
QB3, Innovative Genomics Institute et California Institute for Quantitative Biosciences (QB3) — University of California, avec 9 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.