KEGG tools for classification and analysis of viral proteins
Rattachement africain : jp. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
The KEGG database and analysis tools (https://www.kegg.jp) have been developed mostly for understanding genes and genomes of cellular organisms. The KO (KEGG Orthology) dataset, which is a collection of functional orthologs, plays the role of linking genes in the genome to pathways and other molecular networks, enabling KEGG mapping to uncover hidden features in the genome. Although viruses were part of KEGG for some time, they were not fully integrated in the KEGG analysis tools, because the KO assignment rate is very low for virus genes. To supplement KOs a new dataset named virus ortholog clusters (VOCs) is computationally generated, covering 90% of viral proteins in KEGG. VOCs can be used, in place of KOs, for taxonomy mapping to uncover relationships of sequence similarity groups and taxonomic groups and for identifying conserved gene orders in virus genomes. Furthermore, selected VOCs are used to define tentative KOs for characterizing protein functions. Here an overview of KEGG tools is presented focusing on these extensions for viral protein analysis.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé, mais le titre doit être comparé manuellement.
- Titre Crossref
- <scp>KEGG</scp> tools for classification and analysis of viral proteins
- Date Crossref
- 21/11/2023
- Éditeur
- Wiley
- Type
- journal-article
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Kyoto University Institute for Chemical Research pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Kyoto Bunkyo University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Solutions Inc. (Japan) pays non établi dans la noticeEntreprise
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Kyoto University Institute for Chemical Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Kyushu Economic Research Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Pathway Solutions Inc. Tokyo Japan pays non établi dans la noticeEntreprise
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Network Support Co. Ltd. Fukuoka Japan pays non établi dans la noticeEntreprise
Institute for Chemical Research — Kyoto University, Kyoto Bunkyo University et Solutions Inc. (Japan), avec 4 autres affiliations.
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