Scalable genetic screening for regulatory circuits using compressed Perturb-seq
Rattachement africain : us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Pooled CRISPR screens with single-cell RNA sequencing readout (Perturb-seq) have emerged as a key technique in functional genomics, but they are limited in scale by cost and combinatorial complexity. In this study, we modified the design of Perturb-seq by incorporating algorithms applied to random, low-dimensional observations. Compressed Perturb-seq measures multiple random perturbations per cell or multiple cells per droplet and computationally decompresses these measurements by leveraging the sparse structure of regulatory circuits. Applied to 598 genes in the immune response to bacterial lipopolysaccharide, compressed Perturb-seq achieves the same accuracy as conventional Perturb-seq with an order of magnitude cost reduction and greater power to learn genetic interactions. We identified known and novel regulators of immune responses and uncovered evolutionarily constrained genes with downstream targets enriched for immune disease heritability, including many missed by existing genome-wide association studies. Our framework enables new scales of interrogation for a foundational method in functional genomics.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Scalable genetic screening for regulatory circuits using compressed Perturb-seq
- Date Crossref
- 23/10/2023
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Harvard University and Quantitative Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Quantitative BioSciences pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Broad Institute Klarman Cell Observatory pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Klarman Cell Observatory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Stanford University Department of Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Massachusetts Institute of Technology Department of Electrical Engineering and Computer Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Memorial Sloan Kettering Cancer Center pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Brigham and Women's Hospital Division of Genetics pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Dana-Farber Cancer Institute Department of Medical Oncology pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Boston University Biological Design Center pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Boston University Academy pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Sloan Kettering Institute Computational and Systems Biology Program pays non établi dans la noticeStructure de recherche
and Quantitative Biology — Harvard University, Quantitative BioSciences et Klarman Cell Observatory — Broad Institute, avec 9 autres affiliations.
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