The impact of non-synonymous mutations on miRNA binding sites within the SARS-CoV-2 NSP3 and NSP4 genes
Rattachement africain : th, nz, au, jp, gb. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Non-synonymous mutations in the SARS-CoV-2 spike region affect cell entry, tropism, and immune evasion, while frequent synonymous mutations may modify viral fitness. Host microRNAs, a type of non-coding RNA, play a crucial role in the viral life cycle, influencing viral replication and the host immune response directly or indirectly. Recently, we identified ten miRNAs with a high complementary capacity to target various regions of the SARS-CoV-2 genome. We filtered our candidate miRNAs to those only expressed with documented expression in SARS-CoV-2 target cells, with an additional focus on miRNAs that have been reported in other viral infections. We determined if mutations in the first SARS-CoV-2 variants of concern affected these miRNA binding sites. Out of ten miRNA binding sites, five were negatively impacted by mutations, with three recurrent synonymous mutations present in multiple SARS-CoV-2 lineages with high-frequency NSP3: C3037U and NSP4: G9802U/C9803U. These mutations were predicted to negatively affect the binding ability of miR-197-5p and miR-18b-5p, respectively. In these preliminary findings, using a dual-reporter assay system, we confirmed the ability of these miRNAs in binding to the predicted NSP3 and NSP4 regions and the loss/reduced miRNA bindings due to the recurrent mutations.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- The impact of non-synonymous mutations on miRNA binding sites within the SARS-CoV-2 NSP3 and NSP4 genes
- Date Crossref
- 07/10/2023
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Chulalongkorn University Center of Excellence in Immunology and Immune-Mediated Diseases pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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King Chulalongkorn Memorial Hospital pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of Otago Department of Microbiology and Immunology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Thai Red Cross Society pays non établi dans la noticeInstitution
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The University of Western Australia pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Yamagata Prefectural Central Hospital Department of Infectious Diseases and Infection Control pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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University of Sheffield Biofilms and Antimicrobial Resistance Consortium of ODA Receiving Countries pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Yamagata Prefectural University of Health Sciences pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Faculty of Medicine Department of Microbiology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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School of Medicine pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Center of Excellence in Immunology and Immune-Mediated Diseases — Chulalongkorn University, King Chulalongkorn Memorial Hospital et Department of Microbiology and Immunology — University of Otago, avec 7 autres affiliations.
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