The pseudotorsional space of RNA
Rattachement africain : uy, es. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
The characterization of the conformational landscape of the RNA backbone is rather complex due to the ability of RNA to assume a large variety of conformations. These backbone conformations can be depicted by pseudotorsional angles linking RNA backbone atoms, from which Ramachandran-like plots can be built. We explore here different definitions of these pseudotorsional angles, finding that the most accurate ones are the traditionalη(eta) andθ(theta) angles, which represent the relative position of RNA backbone atoms P and C4′. We explore the distribution ofη−θin known experimental structures, comparing the pseudotorsional space generated with structures determined exclusively by one experimental technique. We found that the complete picture only appears when combining data from different sources. The maps provide a quite comprehensive representation of the RNA accessible space, which can be used in RNA-structural predictions. Finally, our results highlight that protein interactions lead to significant changes in the population of theη−θspace, pointing toward the role of induced-fit mechanisms in protein–RNA recognition.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- The pseudotorsional space of RNA
- Date Crossref
- 04/10/2023
- Éditeur
- Cold Spring Harbor Laboratory
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Universidad de la República de Uruguay pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institut Pasteur de Montevideo pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Institute for Research in Biomedicine Molecular Modelling and Bioinformatics Group pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Universitat de Barcelona pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Institute Pasteur of Montevideo Bioinformatics Unit pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Computational Biophysics Group pays non établi dans la noticeInstitution
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Department of Biological Sciences pays non établi dans la noticeInstitution
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Faculty of Biology Department of Biochemistry and Molecular Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Universidad de la República de Uruguay, Institut Pasteur de Montevideo et Molecular Modelling and Bioinformatics Group — Institute for Research in Biomedicine, avec 5 autres affiliations.
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