Integrated bioinformatics analysis of microarray data from non-small cell lung cancer
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Le résumé fourni par la source
Non-small cell lung cancer (NSCLC), with its high mortality rate, lack of early diagnostic markers and prevention of distant metastases are the main challenges in treatment. To identify potential miRNAs and key genes in NSCLC to find new biomarkers and target gene therapies. The GSE102286, GSE56036, GSE25508, GSE53882, GSE29248 and GSE101929 datasets were obtained from the Gene Expression Omnibus (GEO) database and screened for differentially co-expressed miRNAs (DE-miRNAs) and lncRNAs (DElncRs) by GEO2R and R software package. Pathway enrichment analysis of DE-miRNAs-target genes was performed by String and Funrich database to construct protein-protein interaction (PPI) and competing endogenous RNA (ceRNA) network and visualized with Cytoscape software. Nineteen co-expressed DE-miRNAs were screened from five datasets. The 7683 predicted up- and down-regulated DE-miRNAs-target genes were significantly concentrated in cancer-related pathways. The top 10 hub nodes in the PPI were identified as hub genes, such as MYC, EGFR, HSP90AA1 and TP53, MYC, and ACTB. By constructing miRNA-hub gene networks, hsa-miR-21, hsa-miR-141, hsa-miR-200b and hsa-miR-30a, hsa-miR-30d, hsa-miR-145 may regulate most hub genes and hsa-miR-141, hsa-miR-200, hsa-miR-145 had higher levels in the miRNA and ceRNA regulatory networks, respectively. In conclusion, the identification of hsa-miR-21, hsa-miR-141, hsa-miR-200b hsa-miR-30a, hsa-miR-30d and hsa-miR-145 provides a new theoretical basis for understanding the development of NSCLC.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Integrated bioinformatics analysis of microarray data from non-small cell lung cancer
- Date Crossref
- 31/07/2023
- Éditeur
- CMB Association
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Shihezi University Department of Thoracic Surgery pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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First Affiliated Hospital of Shihezi University Medical College pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Xinjiang Production and Construction Corps pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Guangdong Medical College pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Central People's Hospital of Zhanjiang pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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School of Medicine Treatment of Central Asia High Incidence Diseases (First Affiliated Hospital pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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The First Division Hospital Department of Pathology pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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Guangdong Medical University Department of Pathology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Department of Thoracic Surgery — Shihezi University, First Affiliated Hospital of Shihezi University Medical College et Xinjiang Production and Construction Corps, avec 5 autres affiliations.
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