Accès ouvert déclaré 2023 preprint

C. difficile may be overdiagnosed in adults and is a prevalent commensal in infants

Pamela Ferretti, Jakob Wirbel, Oleksandr M. Maistrenko, Thea Van Rossum, Renato Alves, Anthony Fullam, Wasiu A. Akanni, Christian Schudoma, Anna M. Schwarz, Roman Thielemann, L. A. Thomas, Stefanie E. Kandels-Lewis, Rajna Hercog, Anja Telzerow, Ivica Letunić, Michael Kuhn, Georg Zeller, Thomas Schmidt, Peer Bork

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Le résumé fourni par la source

Abstract Clostridioides difficile is an urgent threat in hospital-acquired infections world-wide, yet the microbial composition associated with C. difficile, in particular in C. difficile infection (CDI) cases, remains poorly characterised. To investigate the gut microbiome composition in CDI patients, we analysed 534 metagenomes from 10 publicly available CDI study populations. We then tracked C. difficile on a global scale, screening 42,900 metagenomes from 253 public studies. Among the CDI cohorts, we detected C. difficile in only 30% of the stool samples from CDI patients. However, we found that multiple other toxigenic species capable of inducing CDI-like symptomatology were prevalent. In addition, the majority of the investigated studies did not adhere to the recommended guidelines for a correct CDI diagnosis. In the global survey, we found that C. difficile prevalence, abundance and biotic context were age-dependent. C. difficile is a rare taxon associated with reduced diversity in healthy adults, but common and associated with increased diversity in infants. We identified a group of species co-occurring with C. difficile exclusively in healthy infants, enriched in obligate anaerobes and in species typical of the healthy adult gut microbiome. C. difficile in healthy infants was therefore associated with multiple indicators of healthy gut microbiome maturation. Our analysis raises concerns about potential CDI overdiagnosis and suggests that C. difficile is an important commensal in infants and that its asymptomatic carriage in adults depends on microbial context.

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Le contrôle bibliographique ouvert

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Titre Crossref: C. difficile may be overdiagnosed in adults and is a prevalent commensal in infants
Date Crossref: 12/09/2023
Éditeur: eLife Sciences Publications, Ltd
Type: posted-content

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Où se fait cette recherche

European Molecular Biology Laboratory Genomic Core Facility pays non établi dans la notice
Organisme public
Royal Netherlands Institute for Sea Research pays non établi dans la notice
Structure de recherche
Biobyte Solutions (Germany) pays non établi dans la notice
Entreprise
Yonsei University Yonsei Frontier Lab (YFL) pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
Max Delbrück Center pays non établi dans la notice
Structure de recherche
University of Würzburg Department of Bioinformatics pays non établi dans la notice
Université ou école supérieure
biobyte solutions GmbH pays non établi dans la notice
Entreprise
Max Delbrück Centre for Molecular Medicine pays non établi dans la notice
Institution

Genomic Core Facility — European Molecular Biology Laboratory, Royal Netherlands Institute for Sea Research et Biobyte Solutions (Germany), avec 5 autres affiliations.

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