Human gut metagenomic mining reveals an untapped source of peptide antibiotics
Rattachement africain : us. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
Abstract Drug-resistant bacteria are outpacing traditional antibiotic discovery efforts. Here, we computationally mined 444,054 families of putative small proteins from 1,773 human gut metagenomes, identifying 323 peptide antibiotics encoded in small open reading frames (smORFs). To test our computational predictions, 78 peptides were synthesized and screened for antimicrobial activity in vitro , with 59% displaying activity against either pathogens or commensals. Since these peptides were unique compared to previously reported antimicrobial peptides, we termed them s mORF-encoded peptides (SEPs). SEPs killed bacteria by targeting their membrane, synergized with each other, and modulated gut commensals, indicating that they may play a role in reconfiguring microbiome communities in addition to counteracting pathogens. The lead candidates were anti-infective in both murine skin abscess and deep thigh infection models. Notably, prevotellin-2 from Prevotella copri presented activity comparable to the commonly used antibiotic polymyxin B. We report the discovery of hundreds of peptide sequences in the human gut.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Human gut metagenomic mining reveals an untapped source of peptide antibiotics
- Date Crossref
- 03/09/2023
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Translational Therapeutics (United States) pays non établi dans la noticeEntreprise
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University of Pennsylvania Penn Institute for Computational Science pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Stanford Blood Center pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Stanford University Department of Medicine (Hematology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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School of Engineering and Applied Science Departments of Bioengineering and Chemical and Biomolecular Engineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Perelman School of Medicine Departments of Psychiatry and Microbiology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Department of Medicine (Hematology pays non établi dans la noticeInstitution
Translational Therapeutics (United States), Penn Institute for Computational Science — University of Pennsylvania et Stanford Blood Center, avec 4 autres affiliations.
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