Systematic benchmarking of single-cell ATAC-sequencing protocols
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Le résumé fourni par la source
Single-cell assay for transposase-accessible chromatin by sequencing (scATAC-seq) has emerged as a powerful tool for dissecting regulatory landscapes and cellular heterogeneity. However, an exploration of systemic biases among scATAC-seq technologies has remained absent. In this study, we benchmark the performance of eight scATAC-seq methods across 47 experiments using human peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) as a reference sample and develop PUMATAC, a universal preprocessing pipeline, to handle the various sequencing data formats. Our analyses reveal significant differences in sequencing library complexity and tagmentation specificity, which impact cell-type annotation, genotype demultiplexing, peak calling, differential region accessibility and transcription factor motif enrichment. Our findings underscore the importance of sample extraction, method selection, data processing and total cost of experiments, offering valuable guidance for future research. Finally, our data and analysis pipeline encompasses 169,000 PBMC scATAC-seq profiles and a best practices code repository for scATAC-seq data analysis, which are freely available to extend this benchmarking effort to future protocols.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Systematic benchmarking of single-cell ATAC-sequencing protocols
- Date Crossref
- 03/08/2023
- Éditeur
- Springer Science and Business Media LLC
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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VIB-KU Leuven Center for Brain & Disease Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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KU Leuven pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Consorci Institut D'Investigacions Biomediques August Pi I Sunyer pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Centre for Genomic Regulation pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Broad Institute Klarman Cell Observatory pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Klarman Cell Observatory pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Harvard University Department of Stem Cell and Regenerative Biology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Stanford University Department of Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Gladstone Institutes pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Wellcome Sanger Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Oregon Health & Science University Department of Molecular and Medical Genetics pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Max Delbrück Center pays non établi dans la noticeStructure de recherche
VIB-KU Leuven Center for Brain & Disease Research, KU Leuven et Consorci Institut D'Investigacions Biomediques August Pi I Sunyer, avec 9 autres affiliations.
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