A quantitative sequencing method using synthetic internal standards including functional and phylogenetic marker genes
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Le résumé fourni par la source
Abstract The method of spiking synthetic internal standard genes (ISGs) to samples for amplicon sequencing, generating sequences and converting absolute gene numbers from read counts has been used only for phylogenetic markers and has not been applied to functional markers. In this study, we developed ISGs, including gene sequences of the 16S rRNA, pmoA , encoding a subunit of particulate methane monooxygenase and amoA , encoding a subunit of ammonia monooxygenase. We added ISGs to the samples, amplified the target genes and performed amplicon sequencing. For the mock community, the copy numbers converted from read counts using ISGs were equivalent to those obtained by the quantitative real‐time polymerase chain reaction (4.0 × 10 4 versus 4.1 × 10 4 and 3.0 × 10 3 versus 4.0 × 10 3 copies μL‐DNA −1 for 16S rRNA and pmoA genes, respectively), but we also identified underestimation, possibly due to primer coverage (7.8 × 10 2 versus 3.7 × 10 3 μL‐DNA −1 for amoA gene). We then applied this method to environmental samples and analysed phylogeny, functional diversity and absolute quantities. One Methylocystis population was most abundant in the sludge samples [16S rRNA gene (3.8 × 10 9 copies g −1 ) and the pmoA gene (2.3 × 10 9 copies g −1 )] and were potentially interrelated. This study demonstrates that ISG spiking is useful for evaluating sequencing data processing and quantifying functional markers.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- A quantitative sequencing method using synthetic internal standards including functional and phylogenetic marker genes
- Date Crossref
- 18/07/2023
- Éditeur
- Wiley
- Type
- journal-article
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Où se fait cette recherche
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Kanazawa University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Institute for Environmental Studies Regional Environment Conservation Division pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Tokyo University of Technology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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The University of Tokyo Research Center for Water Environment Technology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Graduate School of Natural Science and Technology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Faculty of Geosciences and Civil Engineering pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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School of Engineering Research Center for Water Environment Technology pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
Kanazawa University, Regional Environment Conservation Division — National Institute for Environmental Studies et Tokyo University of Technology, avec 4 autres affiliations.
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