HPC-based genome variant calling workflow (HPC-GVCW)
Résumé fourni par la source
Abstract A high-performance computing genome variant calling workflow was designed to run GATK on HPC platforms. This workflow efficiently called an average of 27.3 M, 32.6 M, 168.9 M, and 16.2 M SNPs for rice, sorghum, maize, and soybean, respectively, on the most recently released high-quality reference sequences. Analysis of a rice pan-genome reference panel revealed 2.1 M novel SNPs that have yet to be publicly released.
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Contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- HPC-based genome variant calling workflow (HPC-GVCW)
- Date Crossref
- 26/06/2023
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
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Institutions déclarées
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