Extensible benchmarking of methods that identify and quantify polyadenylation sites from RNA-seq data
Rattachement africain : gb, ch, us, sg, es, de, nl. Niveau de preuve : code pays fourni par la source.
Le résumé fourni par la source
The tremendous rate with which data is generated and analysis methods emerge makes it increasingly difficult to keep track of their domain of applicability, assumptions, and limitations and consequently, of the efficacy and precision with which they solve specific tasks. Therefore, there is an increasing need for benchmarks, and for the provision of infrastructure for continuous method evaluation. APAeval is an international community effort, organized by the RNA Society in 2021, to benchmark tools for the identification and quantification of the usage of alternative polyadenylation (APA) sites from short-read, bulk RNA-sequencing (RNA-seq) data. Here, we reviewed 17 tools and benchmarked eight on their ability to perform APA identification and quantification, using a comprehensive set of RNA-seq experiments comprising real, synthetic, and matched 3'-end sequencing data. To support continuous benchmarking, we have incorporated the results into the OpenEBench online platform, which allows for seamless extension of the set of methods, metrics, and challenges. We envisage that our analyses will assist researchers in selecting the appropriate tools for their studies. Furthermore, the containers and reproducible workflows generated in the course of this project can be seamlessly deployed and extended in the future to evaluate new methods or datasets.
Ce résumé expose les affirmations des auteurs. BNTIC ne l’interprète pas comme une validation indépendante des résultats.
Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- Extensible benchmarking of methods that identify and quantify polyadenylation sites from RNA-seq data
- Date Crossref
- 26/06/2023
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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National Hospital for Neurology and Neurosurgery pays non établi dans la noticeÉtablissement de santé
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UCL Queen Square Institute of Neurology Department of Neuromuscular Diseases pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University College London pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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SIB Swiss Institute of Bioinformatics pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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University of Basel Biozentrum pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Pennsylvania pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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University of Edinburgh pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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National Institutes of Health pays non établi dans la noticeOrganisme public
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National Cancer Institute pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Center for Cancer Research pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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National University of Singapore pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Genome Institute of Singapore pays non établi dans la noticeStructure de recherche
National Hospital for Neurology and Neurosurgery, Department of Neuromuscular Diseases — UCL Queen Square Institute of Neurology et University College London, avec 9 autres affiliations.
Une affiliation ne permet pas de déduire la nationalité d’un auteur.