AI-guided pipeline for protein-protein interaction drug discovery identifies a SARS-CoV-2 inhibitor
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Le résumé fourni par la source
Protein-protein interactions (PPIs) offer great opportunities to expand the druggable proteome and therapeutically tackle various diseases, but remain challenging targets for drug discovery. Here, we provide a comprehensive pipeline that combines experimental and computational tools to identify and validate PPI targets and perform early-stage drug discovery. We have developed a machine learning approach that prioritizes interactions by analyzing quantitative data from binary PPI assays and AlphaFold-Multimer predictions. Using the quantitative assay LuTHy together with our machine learning algorithm, we identified high-confidence interactions among SARS-CoV-2 proteins for which we predicted three-dimensional structures using AlphaFold Multimer. We employed VirtualFlow to target the contact interface of the NSP10-NSP16 SARS-CoV-2 methyltransferase complex by ultra-large virtual drug screening. Thereby, we identified a compound that binds to NSP10 and inhibits its interaction with NSP16, while also disrupting the methyltransferase activity of the complex, and SARS-CoV-2 replication. Overall, this pipeline will help to prioritize PPI targets to accelerate the discovery of early-stage drug candidates targeting protein complexes and pathways.
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Le contrôle bibliographique ouvert
DOI retrouvé dans Crossref DOI retrouvé ; titre concordant.
- Titre Crossref
- AI-guided pipeline for protein-protein interaction drug discovery identifies a SARS-CoV-2 inhibitor
- Date Crossref
- 14/06/2023
- Éditeur
- openRxiv
- Type
- posted-content
Ce recoupement confirme des métadonnées liées au DOI. Il ne confirme ni la méthode ni les conclusions de l’étude, et il ne compte pas comme une seconde source scientifique indépendante.
Où se fait cette recherche
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Institute of Molecular Biotechnology Brain Development and Disease pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Austrian Academy of Sciences pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Max Delbrück Center Proteomics and Molecular Mechanisms of Neurodegenerative Diseases pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Zuse Institute Berlin pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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University of Liège Laboratory of Viral Interactomes pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Harvard University pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Boston VA Research Institute pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Dana-Farber Cancer Institute Center for Cancer Systems Biology (CCSB) pays non établi dans la noticeStructure de recherche
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Centre National de la Recherche Scientifique pays non établi dans la noticeOrganisme public
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Institut Pasteur pays non établi dans la noticeOrganisation à but non lucratif
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Université Paris Cité pays non établi dans la noticeUniversité ou école supérieure
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Fraunhofer Institute for Applied Polymer Research Multifunctional Colloids and Coating pays non établi dans la noticeStructure de recherche
Brain Development and Disease — Institute of Molecular Biotechnology, Austrian Academy of Sciences et Proteomics and Molecular Mechanisms of Neurodegenerative Diseases — Max Delbrück Center, avec 9 autres affiliations.
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